This is happening because of you are initializing puntje inside the while loop. So every time it loops, it creates new object called puntje; which necessarily doesn't remember the old values. Your comments are not clear to me, as I can't read them. Why are you putting "." in puntje?
Try the following; you will get something better:
String puntje = ".";
while(Geraden == false)
{
System.out.print("Geef een letter: ");
//de letter wordet ingevoerd
letter=letterin.nextLine();
//String puntje wordt aangemaakt en er wordt een puntje als karakter ingezet
//herhalen tot de aantal letters vanhet in gevoerde woord
for (int i = 0; i < gwoord.length( ); i++)
{
// Als het lettertje voorkomt op index i
if( gwoord.charAt( i ) == letter.charAt( 0 ) )
{
// Juiste letter invoegen
puntjes.append(letter.charAt( 0 ));
}
else
{
// Anders het puntje plaatsen
puntjes.append(puntje.charAt( 0 ));
}
}
//Het puntjes woord wordt geprint op het scherm
System.out.println("Geraden letters: "+ puntjes );